Simulazioni molecolari

Responsabile didattico: Andrea Melchior

Durata: 28 ore

Periodo didattico: secondo semestre

Programma

SETTORE SCIENTIFICO DIDATTICO: CHIM/07

Il corso fornisce le basi dei metodi che consentono di studiare le proprietà di sistemi molecolari in fase condensata attraverso simulazioni al calcolatore.

Il corso presenterà i seguenti contenuti principali:

i) revisione di concetti base di termodinamica classica applicati a sistemi chimici e biochimici (energia libera, equilibrio);

ii) elementi di termodinamica statistica (microstati, entropia statistica, insiemi statistici, funzioni termodinamiche);

iii) simulazioni Monte Carlo, Dinamica Molecolare, force fields, minimizzazione dell’energia, condizioni periodiche, interazioni elettrostatiche/van der Waals, algoritmi di simulazione, termostati e barostati;

iv) analisi delle traiettorie: proprietà chimico-fisiche di un liquido; funzione di distribuzione radiale, coefficienti di diffusione;

v) calcolo di energie libera (potenziale della forza media).

Verranno effettuate esercitazioni pratiche di dinamica molecolare utilizzando software di uso comune (gromacs, dl_poly) nelle applicazioni orientate al calcolo di proprietà chimico-fisiche di molecole in soluzione, materiali e sistemi biologici.


Elenco corsi 2021/2022