SEMINARIO DI BIOINFORMATICA APPLICATA

Responsabile didattico: Emanuele De Paoli

Durata: 28 ore

Periodo didattico: secondo semestre

Programma

SETTORE SCIENTIFICO DISCIPLINARE - BIO/10

Periodo: aprile-giugno

Emanuele De Paoli  12h 

"Small RNA analysis: biogenesis, function and computational analysis"

Fabio Marroni  8h -

Emanuele Dalla  8h 

  1. Analisi dell*Espressione Genica: qPCR, Microarrays, RNA-seq
  1. Next Generation Sequencing: DNA-seq, RNA-seq, ChIP seq, miRNA seq, RIP seq
  1. Progetto FANTOM e CAGE-seq ZENBU e PrESSto {Promoter Enhanccr Slìder Selector Tool) hands-on EnsEMBL e UCSC genome browser hands-on bedtools
  1. Utilizzo di R/Bioconductor nell’analisi di dati di Genomica Funzionale e Strutturale
  1. Analisi Dart RNAseq DESeq2 hands-on ;        Analisi Dati miRNAseq miRNApath e mirPath hands-on
  1. Epigenetica ed Espressione Genica: ENCODE Project Gateway e Blueprint Portal hands-on
  1. Motif Discovery - Lasagna, MEME e Homer hands-on; Analisi Funzionale DAVID/EASE e GSEA/MSigDB hands on

 

 

 


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