BIOINFORMATICA; BANCHE DATI IN BIOMEDICINA
Durata: 28 ore
Programma
BIOINFORMATICA; BANCHE DATI IN BIOMEDICINA
1°MODULO: SSD: FIS/07
PERIODO DIDATTICO 2 SEMESTRE
PROF: FOGOLARI FEDERICO
ORE: 14
- Introduzione ai recenti sviluppi delle banche dati di interesse
biomedico.
- Introduzione alle banche dati: banche dati di sequenze di proteine
e acidi nucleici, di strutture biomolecolari, banche dati bibliografiche
e specialistiche, banche dati primarie e secondarie.
- Recupero di informazione. Ricerca per parole chiave combinate
con operatori logici.
- Allineamento di sequenze:
Modelli di evoluzione per sequenze di DNA e proteine.
Metodi di allineamento ottimali:
gli algoritmo di Needleman-Wunsch e di Smith-Waterman.
Matrici di similarita': le serie PAM e Blosum.
Metodi di allineamento euristici:
il programma FASTA;
il programma BLAST;
- Allineamenti multipli:
L'algoritmo ClustalW
Patterns e profili. Banche dati di patterns e profili.
- Analisi filogenetiche:
alberi filogenetici. Albero modello, realizzato e inferito,
metodi basati sulla matrice di distanze fra sequenze
metodi basati sulla maximum parsimony
metodi basati sulla maximum likelihood
2°MODULO: SSD: BIO/18
PERIODO DIDATTICO 2 SEMESTRE
PROF: MORGANTE MICHELE
ORE: 14
PROGRAMMA
